Das Museum der Präfektur Niigata möchte den Besucher in die Archäologie, Geschichte, Volkskunde und Anthropologie der Präfektur Niigata einführen. Weiterhin hat das Museum einen Schwerpunkt im Bereich der archäologischen Hinterlassenschaften aus der Jomon-Zeit in Japan. Regionale und überregionale Verbindungen stehen gleichermaßen im Vordergrund der wissenschaftlichen Untersuchungen. 

Das Museum zählt zu seinen Hauptaufgaben die folgenden Bereiche:

1) Forschung zu den archäologischen Hinterlassenschaften der Jomon-Kultur

2) Forschung zur Anthropologie, Archäologie und Geschichte der Präfektur Niigata

3) Beschaffung und Konservierung von Artefakten der Präfektur Niigata

4) Ausstellungen zu anthropologischen, archäologischen und historischen Themen

5) lokale und internationale Seminare und Bildungsprogramme